Formation IA et recherche scientifique · Soirée 1 · Modules 1 et 2
Comprendre les LLM
Comment une IA écrit, pourquoi elle se trompe, et comment bien lui parler
Une soirée pour les médecins, chercheurs et professionnels de santé : le fonctionnement des grands modèles de langage, leurs limites, puis le prompt engineering avancé sur des cas cliniques.
Formateur
Dr Boukary OUEDRAOGO
Médecin, PhD en systèmes d’information et épidémiologie · Fondateur de SYSTINFO
Ce que fait le modèle, en direct
Fièvre, raideur de nuque et purpura chez un enfant de 6 ans évoquent…
une
méningite
à
méningo
coque
:
c’est
une
urgence
vitale
.
Un token après l’autre, chacun choisi parce qu’il est le plus probable.
Lundi 9 novembre 2026
19h00 à 21h00 GMT · en direct sur Zoom
Comprendre les LLM · Formation IA et recherche scientifique · SYSTINFO · 9 novembre 2026
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Formation intensive · 9 au 13 novembre 2026 · 19h à 21h GMT
LUN 9
Comprendre les LLM et prompt engineering avancé
Fonctionnement, limites, hallucinations · rôle, contexte, raisonnement guidé, gabarits
Ce soir
MAR 10
Recherche scientifique assistée
Recherche bibliographique, Consensus, synthèse d’articles
MER 11
Revue systématique et méta-analyse
PRISMA, extraction des données, risque de biais
JEU 12
Rédaction et intégrité scientifique
IMRaD, citations, déclaration de l’usage de l’IA
VEN 13
Claude au poste de travail
Tâches déléguées sur vos fichiers, Claude dans Excel, Word et PowerPoint
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Les objectifs de ce soir
1
Comment un LLM fabrique-t-il une réponse ?
Tokens, prédiction, entraînement, mémoire de travail
2
Pourquoi invente-t-il parfois ?
Hallucinations, biais, limites en médecine
3
Quel modèle choisir, pour quel usage ?
Fermés, ouverts, outils de recherche
4
Comment lui poser la bonne question ?
Rôle, contexte, exemples, format, raisonnement guidé, gabarits
Puis à vous : douze exercices guidés sur sante.systinfo.org, avec l’IA de votre choix.
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Répondez dans le chat : dans le cloud ? dans une base de données ? sur Internet ?
Indice : la réponse tient dans un fichier
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Large Language Model, grand modèle de langage
Large
Des milliards de paramètres, réglés en lisant des milliers de milliards de mots : articles, livres, manuels, sites web.
Language
Il travaille sur du texte. Les modèles récents lisent aussi les images, les tableaux et la voix.
Model
Un modèle statistique : il calcule la suite la plus probable d’un texte. Il ne consulte pas une base de faits.
Imaginez un interne brillant qui aurait lu toute la bibliothèque médicale, sans avoir jamais examiné un patient, et sans savoir ce qu’il ne sait pas.
Très cultivé, très rapide, jamais responsable : c’est la bonne façon de le considérer.
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LE MODÈLE DU PÉDIATRE
poids ≈ 2 × âge + 8
Estimation du poids d’un enfant de 1 à 10 ans en urgence
2
paramètres : 2 et 8
UN PETIT LLM
7 000 000 000
paramètres, soit 7 milliards de nombres rangés dans un fichier de quelques gigaoctets
Le modèle ne stocke pas des réponses. Il stocke des régularités.
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Les nombres encodent ce que le modèle a constaté pendant sa fabrication. Pour un texte médical, c’est pareil : il reconstruit une réponse.
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Comme le cerveau humain : on observe les entrées et les sorties, mais l’intérieur reste largement inconnu.
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Entraîner : des semaines sur des milliers de processeurs graphiques. Utiliser le modèle ensuite coûte infiniment moins.
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Trois étapes, comme une formation médicale
1
Pré-entraînement
Comme les études de médecine
Il lit des milliers de milliards de tokens et apprend à prédire la suite. Il acquiert la langue, des faits, des façons de raisonner. Des mois de calcul sur des milliers de processeurs.
2
Ajustement aux consignes
Comme l’internat
On lui montre des milliers d’exemples de consignes et de bonnes réponses : il apprend à répondre à une question plutôt qu’à prolonger un texte.
3
Alignement par retours humains
Comme la supervision par les seniors
Des évaluateurs comparent ses réponses : il apprend à préférer celles qui sont utiles, honnêtes et prudentes.
Résultat : un modèle figé à une date de coupure. Il ignore ce qui est paru après, sauf s’il peut chercher sur le web, et il ne voit jamais vos dossiers, sauf si vous les lui donnez.
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Facturé au jeton par les services d’IA en ligne
+10 à 20 % de jetons en français qu’en anglais
Bien plus en mooré, dioula ou fulfuldé
Découpages et numéros illustratifs : ils varient d’un modèle à l’autre.
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Comment ça marche · étape 2
Femme de 25 ans, Ouagadougou, fièvre à 39,5 °C depuis 3 jours, céphalées, douleurs articulaires. TDR paludisme négatif. Diagnostic le plus probable :
dengue
48 %
paludisme
17 %
chikungunya
11 %
fièvre typhoïde
8 %
grippe
6 %
Il prend souvent le plus probable…
… mais pas toujours : une part de hasard (la température) lui fait parfois choisir le deuxième ou le troisième.
Probabilités illustratives. Le modèle ne « sait » pas : il calcule ce qui suit le plus vraisemblablement ce texte, d’après tout ce qu’il a lu.
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Température basse : il prend presque toujours le premier. Haute : il ose les suivants, plus créatif et plus risqué.
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Mécanisme inventé en 2017 dans l’architecture Transformer, le T de GPT. Pourcentages illustratifs.
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Ce qu’on peut lui confier
Il fait bien
Résumer un article ou une recommandation
Reformuler pour un patient, traduire
Structurer un compte rendu, un protocole
Expliquer une notion classique
Proposer des pistes, des plans, des questions
Il ne peut pas savoir
Ce qui est paru après sa date de coupure
Votre contexte : protocoles nationaux, médicaments disponibles
Le dossier de votre patient, s’il ne l’a pas sous les yeux
Ses propres erreurs : il ne sait pas ce qu’il ne sait pas
La conversation d’hier, sauf mémoire activée
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Comment ça marche · la mémoire
Tout ce que le modèle « voit » au moment de répondre :
Consignes
Votre document : recommandation de 40 pages
La conversation
Sa réponse
Grande, mais pas infinie
Selon les modèles, de quelques centaines de milliers à plus d’un million de tokens : d’un long rapport à plusieurs livres.
Le début pèse moins
Dans une très longue conversation, les consignes du début s’estompent. Nouvelle tâche, nouvelle conversation.
Tout part chez le fournisseur
Ce qui est dans la fenêtre est envoyé aux serveurs du modèle : on anonymise avant de coller.
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Un réglage qui change la réponse
Même question posée trois fois : « Propose un titre pour un article sur la dengue à Ouagadougou. »
Température basse (0,2)
Température haute (1,0)
Dengue à Ouagadougou : épidémiologie et prise en charge
Quand la fièvre n’est pas le paludisme : la dengue à Ouagadougou
Dengue à Ouagadougou : épidémiologie et prise en charge
Dengue urbaine au Burkina Faso : les leçons d’une épidémie
Dengue à Ouagadougou : épidémiologie et prise en charge
Moustiques, villes et fièvre : la dengue à Ouagadougou
Basse pour résumer, extraire, calculer. Plus haute pour imaginer des titres, des hypothèses, des messages.
Dans les applications grand public, on ne la règle pas : on la remplace par la consigne (« réponds de façon concise et constante »).
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La nouvelle génération
Modèle rapide
Question
Réponse
en 1 à 3 secondes
Modèle de raisonnement
Question
Réflexion interne : hypothèses, vérifications, calculs
Réponse
de 10 secondes à plusieurs minutes
Utile pour un diagnostic différentiel pédagogique, un calcul, une analyse statistique. Plus lent et plus cher.
Et pas infaillible : un raisonnement bien présenté peut être faux.
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LA RÈGLE D’OR
Et elle ne revient jamais en arrière : chaque jeton écrit devient une contrainte pour la suite.
Fournir les recommandations, l’article, le protocole plutôt que compter sur sa mémoire
Exiger des références et contrôler chacune d’elles sur PubMed
La responsabilité médicale ne se délègue pas à un outil
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Limite n° 1
Référence proposée par une IA (exemple fictif)
Ouédraogo A, Sawadogo M, Kaboré J, et al. Efficacy of artesunate-amodiaquine in Burkinabe children: a randomised trial. Lancet Infect Dis. 2021;21(4):512-9.
INTROUVABLE SUR PUBMED
115 références produites par ChatGPT-3.5 dans des textes médicaux (Bhattacharyya et al., Cureus, 2023)
47 %
inventées de toutes pièces
46 %
réelles, mais inexactes (auteurs, année, pages…)
7 %
exactes
Les modèles récents se trompent moins, mais le risque demeure : une référence non vérifiée n’entre jamais dans un document.
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Comprendre pour s’en protéger
Il vise le plausible, pas le vrai
Sa seule tâche : produire la suite la plus vraisemblable. Une fausse référence bien formée est très vraisemblable.
Il comble les trous
Maladie rare, donnée locale, publication récente : là où ses données sont pauvres, il extrapole.
La question oriente la réponse
« Quelle dose chez l’enfant ? » appelle un chiffre, même quand aucune dose pédiatrique n’est validée.
Il cherche à vous satisfaire
Si votre question suggère une réponse, il a tendance à la confirmer : c’est la complaisance.
Une hallucination a exactement l’allure d’une bonne réponse : même ton assuré, même mise en forme soignée.
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Au-delà des hallucinations
Biais des données
Corpus surtout anglophones et occidentaux : populations africaines, peaux foncées et maladies tropicales y sont sous-représentées.
Calculs et unités
Doses, conversions, clairances : il peut se tromper avec aplomb. On recalcule toujours.
Actualité
Les recommandations parues après sa date de coupure lui sont inconnues, sauf recherche web.
Confidentialité
Ce que vous collez part sur les serveurs du fournisseur. Jamais de données identifiantes.
Complaisance
Il a tendance à confirmer l’hypothèse que suggère votre question.
Responsabilité
Un assistant conversationnel n’est pas un dispositif médical validé : la décision reste au médecin.
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Ce qu’on fait, concrètement
1
Donner la source : collez la recommandation ou l’article, et demandez de s’y limiter
2
Autoriser le doute : « si tu ne sais pas, dis-le », « signale ce qui manque »
3
Vérifier chaque référence : PubMed, DOI, site de la revue
4
Préférer un outil branché sur les publications pour la bibliographie : SIRA Recherche, Consensus, PubMed
5
Croiser deux modèles sur les questions importantes
6
Garder la décision humaine, et la trace : prompt, modèle, date
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Novembre 2026
Fermés, en ligne
Les plus performants en général. Vos données partent chez le fournisseur.
ChatGPT · OpenAI
Claude · Anthropic
Gemini · Google
Copilot · Microsoft
Ouverts, installables
Téléchargeables : ils peuvent tourner sur un serveur local, même sans internet.
Llama · Meta
Mistral · France
DeepSeek · Chine
Qwen · Alibaba
Outils de recherche
Branchés sur les publications : chaque affirmation renvoie à un article.
Consensus
Elicit
OpenEvidence
SIRA Recherche · SYSTINFO
Chaque nom recouvre plusieurs versions, du plus rapide au plus puissant, renouvelées tous les quelques mois : on juge sur des tests, pas sur la marque.
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Choisir son modèle
| Votre besoin | Type d’outil | Pourquoi |
|---|---|---|
| Résumer un article, reformuler, traduire | Modèle rapide | Tâche simple, coût faible |
| Diagnostic différentiel pédagogique, calcul, statistiques | Modèle de raisonnement | Étapes visibles, donc vérifiables |
| Recherche bibliographique | Outil branché sur les publications | Références réelles, avec leurs liens |
| Données sensibles : dossiers, cohortes | Modèle local ou hébergement maîtrisé | Les données ne sortent pas |
| Langues nationales | Outil avec traduction dédiée | Les grands modèles y restent faibles |
Critères à peser : confidentialité, qualité du raisonnement, accès aux sources, langue, coût, disponibilité dans votre pays.
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Une méthode simple
1
Prenez trois cas fictifs de votre pratique
2
Posez-les à deux ou trois modèles, sans regarder les noms
3
Notez : exactitude, prudence, sources, clarté
4
Gardez le meilleur pour cet usage précis
Modèle A
Exactitude
✓
Prudence
✗
Sources
✗
Clarté
✓
Modèle B
Exactitude
✓
Prudence
✓
Sources
✓
Clarté
✓
Modèle C
Exactitude
✓
Prudence
✓
Sources
✗
Clarté
✗
✓ Retenu
Dans SIRA, le bouton ⚖️ Comparer pose le même prompt à plusieurs modèles côte à côte : 50 crédits offerts sur sira.systinfo.org.
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Module 2 · prompt engineering avancé
Question vague
Parle-moi de la dengue.
Ce que vous obtenez
Un cours général sur la maladie, sans lien avec votre patient.
Question précise
Je suis médecin généraliste dans un CSPS de Ouagadougou. Patiente fictive de 25 ans : fièvre à 39,5 °C depuis 3 jours, céphalées, douleurs articulaires, TDR paludisme négatif. Liste les 3 diagnostics les plus probables, les signes d’alerte à rechercher et les examens disponibles au premier niveau. Réponds en 10 lignes.
Ce que vous obtenez
Une réponse ciblée, utilisable en consultation, et vérifiable.
Ce qui change : le contexte, la tâche, le format. Rien de technique.
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Module 2 · prompt engineering avancé
Rôle
Tu es pharmacien clinicien dans un CHU, habitué à relire les ordonnances des patients âgés.
Contexte
Patient fictif de 78 ans, insuffisance rénale modérée, fibrillation atriale. L’ordonnance est collée ci-dessous.
Tâche
Repère les interactions et les adaptations de dose à vérifier.
Contraintes
Appuie-toi uniquement sur l’ordonnance fournie. Si une information manque, dis-le.
Format
Un tableau : médicament, problème, gravité, action proposée. Puis 3 lignes de synthèse.
Vérification
Relis ton tableau et signale tout point dont tu n’es pas certain.
Six questions qu’un confrère vous poserait avant de vous aider : qui je suis, sur quoi, pour faire quoi, avec quelles limites, sous quelle forme, avec quel contrôle.
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Brique 1 · le rôle
Rôle vague
Tu es un expert en médecine.
Un ton assuré, un contenu général : le rôle n’apporte presque rien.
Rôle précis
Tu es pharmacien clinicien en CHU. Tu relis les ordonnances des patients âgés en insuffisance rénale.
Les priorités, le vocabulaire et la vigilance d’un métier précis.
Rôle inversé
Avant de répondre, pose-moi une question à la fois jusqu’à avoir ce qu’il te faut.
L’IA vous interroge comme un confrère avant de se prononcer.
Le rôle ne donne au modèle aucune connaissance nouvelle : il choisit, dans ce qu’il sait déjà, le ton, les priorités et le niveau de détail.
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Brique 2 · le contexte
Tu réponds uniquement à partir du texte placé entre les balises <protocole>.
Si la réponse n’y figure pas, écris : « Non précisé dans le protocole ».
Cite le passage exact qui justifie chaque réponse.
<protocole>
[coller ici le protocole national de prise en charge]
</protocole>
Question : quelle est la conduite à tenir devant un paludisme grave chez l’enfant de moins de 5 ans ?
1
Délimiter
Des balises ou des triples guillemets séparent la source de la consigne.
2
Restreindre
« Uniquement à partir de ce texte » : le modèle ne puise plus dans sa mémoire.
3
Faire citer
Chaque réponse renvoie au passage exact : vous vérifiez en dix secondes.
Un modèle qui travaille sur une source fournie invente beaucoup moins. C’est le premier réflexe de la règle d’or.
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Brique 3 · les exemples
Classe chaque motif d’appel en : URGENCE, CONSULTATION DU JOUR ou CONSEIL.
Motif : « Enfant de 2 ans, fièvre et convulsions depuis 10 minutes »
Classe : URGENCE
Motif : « Toux sèche depuis 2 jours, sans fièvre, adulte en bonne santé »
Classe : CONSEIL
Motif : « Femme enceinte de 32 semaines, céphalées intenses et vision floue »
Classe :
Sans exemple
Le modèle devine les catégories, le format et le niveau d’exigence.
Avec deux ou trois exemples
Il imite le format, les catégories et le seuil de gravité que vous avez montrés.
Attention
Il imite aussi vos erreurs : choisissez des exemples justes et variés.
Réponse attendue : URGENCE
Signes de gravité possibles d’une pré-éclampsie : l’exemple montre le seuil attendu.
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Brique 4 · le format
Tableau
« Colonnes : auteur, année, pays, devis, effectif, résultat principal. »
Longueur
« 150 mots au plus », « 5 puces », « une phrase par idée ».
Structure
« Introduction, méthodes, résultats, discussion », « SOAP » pour une observation.
Format machine
« Réponds en JSON avec les clés age, sexe, diagnostic, gravite. »
Un format fixé rend la réponse comparable d’un essai à l’autre, d’un modèle à l’autre, et vérifiable d’un coup d’œil.
C’est aussi ce qui permet de coller la sortie directement dans Excel, un tableau d’extraction ou un rapport.
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Module 2 · les techniques de raisonnement
CO-STAR
Contexte, objectif, style, ton, audience, réponse
Rédiger pour un public précis
Fiche patient, lettre, compte rendu
CoT
Chain of Thought, chaîne de pensée
Faire raisonner étape par étape
Calcul de dose, clairance, statistiques
ToT
Tree of Thoughts, arbre de pensées
Explorer plusieurs pistes, garder la meilleure
Diagnostic différentiel, options thérapeutiques
Chaînage
Prompt chaining, prompts en chaîne
Découper une tâche longue en étapes
Revue de littérature, protocole, article
À combiner avec les briques : rôle, contexte, exemples, format et vérification.
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Technique 1 · CO-STAR
C
« Médecin généraliste, consultation de suivi, patient de 60 ans, hypertension récemment découverte »
O
« Rédige une fiche d’information à lui remettre »
S
« Phrases courtes, mots simples, sans jargon »
T
« Rassurant et encourageant »
A
« Patient peu scolarisé, fiche lue à voix haute par un proche »
R
« 150 mots, puis 5 conseils pratiques numérotés »
Pourquoi ça marche : chaque rubrique répond à une question que le modèle ne peut pas deviner. Le prompt complet est dans l’exercice 6.
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Technique 2 · CoT, Chain of Thought
Patient fictif de 70 ans, 60 kg, créatinine 150 µmol/L. Calcule la clairance de la créatinine selon Cockcroft-Gault, étape par étape, puis dis si une adaptation de dose est à vérifier. Montre chaque calcul.
1
Formule (homme) : (140 − âge) × poids × 1,23 / créatinine en µmol/L
2
(140 − 70) × 60 × 1,23 = 5 166
3
5 166 / 150 ≈ 34 mL/min
4
Clairance inférieure à 50 mL/min : vérifier l’adaptation de dose dans le RCP du médicament
Avec les étapes, une erreur se voit et se corrige. Sans elles, on reçoit un chiffre à croire sur parole.
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Technique 3 · ToT, Tree of Thoughts
Patiente de 25 ans : fièvre, céphalées, arthralgies, TDR paludisme négatif
Expert 1 · Dengue
Pour : arthralgies, TDR négatif, contexte urbain
Contre : à confirmer (NS1)
Expert 2 · Paludisme malgré le TDR
Pour : zone d’endémie, faux négatifs possibles
Contre : TDR négatif
Expert 3 · Infection bactérienne
Pour : fièvre élevée
Contre : aucun foyer évident
Retenu : dengue, à confirmer par NS1 · En réserve : paludisme (goutte épaisse) · À surveiller : les signes d’alerte
La valeur du ToT : la piste en réserve et l’examen qui permet de trancher. La décision reste clinique et biologique.
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Raisonnement guidé · au-delà de « étape par étape »
1
Brouillon
« Rédige une première version de la fiche. »
2
Critique
« Relis-la comme un relecteur exigeant : erreurs, oublis, affirmations sans source. Liste-les. »
3
Version finale
« Corrige en tenant compte de ta critique et indique ce qui a changé. »
Variante à deux rôles : le rédacteur propose, le relecteur attaque (pharmacien, méthodologiste, comité d’éthique).
Ou bien : « Avant de conclure, liste les hypothèses que tu fais et les données qui te manquent. »
L’autocritique attrape des erreurs et améliore la forme, mais elle ne remplace pas une vérification externe : PubMed, RCP, recommandations.
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Technique 4 · chaînage de prompts
Prompt 1
Formuler la question
au format PICO
✓ relu
Prompt 2
Chercher les articles
Consensus, PubMed
✓ relu
Prompt 3
Extraire et synthétiser
tableau des résultats
✓ relu
Prompt 4
Rédiger
résumé structuré
La réponse de chaque prompt devient l’entrée du suivant, après relecture.
Une étape, un prompt
Chaque maillon a un seul objectif : plus simple à écrire, plus simple à vérifier.
Je relis entre deux maillons
Une erreur corrigée tôt ne se propage pas jusqu’au texte final.
Le fil de la semaine
Mercredi la recherche, jeudi la revue systématique, vendredi la rédaction.
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Gabarits réutilisables
GABARIT · Résumé d’article pour le staff
Rôle : tu es [spécialité] et tu prépares le staff du [jour].
Source : l’article placé entre les balises <article>.
Tâche : résume-le pour [public] en [nombre] mots.
Format : question, méthode, résultat principal chiffré,
limites, ce que cela change pour notre pratique.
Règle : n’utilise que l’article ; écris « non précisé » si besoin.
<article>[coller le résumé ou le texte intégral]</article>
Où ranger vos gabarits
Un document Word partagé par le service : la bibliothèque d’équipe
Un Projet dans Claude ou ChatGPT : instructions et documents de référence gardés
Un assistant personnalisé : GPT, Gem de Gemini
SIRA, pour tester le même gabarit sur trois modèles avec ⚖️ Comparer
Les crochets sont les seules parties à changer d’une fois à l’autre.
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Le raccourci
Je veux un prompt pour [préparer une fiche
d’éducation thérapeutique sur le diabète de type 2
pour des patients peu scolarisés].
Pose-moi d’abord, une à une, les questions nécessaires :
public, contexte, format, contraintes.
Puis rédige le prompt complet avec ces rubriques :
rôle, contexte, tâche, contraintes, format, vérification.
Comment faire
1
Décrivez le besoin en une ou deux phrases
2
Répondez aux questions de l’IA
3
Relisez le prompt proposé, corrigez, testez
4
Gardez-le comme gabarit s’il marche
Dans SIRA : domaine Prompt engineering, puis les boutons CO-STAR, COT et TOT.
Vous gardez la main : c’est vous qui savez ce que la tâche exige.
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Garde-fous
Anonymiser : ni nom, ni date de naissance, ni numéro de dossier, ni photo identifiante
Ne donner que les données utiles à la question
Savoir où sont hébergées les données : outil institutionnel, modèle local
Vérifier doses, interactions et références
Confronter aux recommandations nationales
Garder la trace : prompt, modèle, date
Déclarer l’usage de l’IA dans une publication (vendredi)
L’IA accélère la préparation. La responsabilité reste celle du médecin.
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À vous de jouer
1 à 3
Voir le modèle fonctionner
Prédiction, tokens, température
4 et 5
Débusquer une hallucination
Références à vérifier, étude inventée
6 à 9
Premiers prompts structurés
CO-STAR, CoT, ToT, chaînage, sur des cas fictifs
10 à 12
Prompt engineering avancé
Rôle inversé, source et exemples, gabarit et autocritique
sante.systinfo.org
Les exercices, la présentation animée et le PDF
Avec l’IA de votre choix (ChatGPT, Claude, Gemini, Mistral…) ou avec SIRA, 50 crédits offerts sur sira.systinfo.org. Cas fictifs uniquement.
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Merci pour votre attention
Demain, mardi 10 novembre, 19h GMT : la recherche scientifique assistée.
Dr Boukary OUEDRAOGO
boukary@systinfo.ai · support@systinfo.ai · +226 25 45 46 43
1
Un LLM prédit le texte le plus probable : il ne sait pas, il calcule.
2
Une hallucination ressemble à une bonne réponse : on vérifie tout.
3
Un bon prompt donne un rôle, une source, un format et un contrôle, puis se garde comme gabarit.
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